В толстом отделе кишечника процессы распада веществ в основном ограничены действием кишечной микрофлоры. Ее действию подвергается клетчатка. В результате дезаминирования аминокислот образуются амины токсического действия типа индола, скатола, фенола, крезола, кадаверина, путресцина. Часть из них подвергается расщеплению ферментами, а часть обезвреживается в печени. Здесь желчные пигменты распадаются до стеркобилиногена, формирующего специфический цвет и запах кала. Всасывание в толстом отделе кишечника весьма ограничено. Непереваренные остатки пищи, отмершие микробы, нерастворимые соли, жиры и желчные пигменты являются составными частями кала. Кишечные газы в значительной степени образуются в результате жизнедеятельности микробов.