Фундаментальной особенностью реакций переноса протона является то, что этот процесс протекает в диффузионно-контролируемом режиме. Благодаря классическим работам Ейгена, механизм реакций протона с основаниями и иона гидроксила с кислотами в настоящее время достаточно хорошо понят. Обзор литературы по кинетике кислотно-основных равновесий в водном растворе сделан в монографии [13]. Основной вывод этих исследований заключается в том, что для обычных О, S, N-кислот и оснований реакции протона с основаниями и иона гидроксила с кислотой не зависят от основности или кислотности реагентов. Эти реакции контролируются скоростью диффузии (k ∼- 1010 M-1⋅c-1). Соответственно константы скорости обратных реакций определяются величиной константы равновесия. В ряде случаев стадии переноса протона могут быть лимитирующими стадиями процесса [262].
При анализе механизмов ферментативных реакций с достаточной степенью достоверности можно считать, что стадии переноса протонов на О, S, N-кислоты и основания имеют диффузионный характер. Это положение было использовано нами при рассмотрении механизма катализа гидрогеназами.