Рассматривая химические реакции в свете атомно-молекулярного учения, учащиеся естественно приходят к мысли, что сущность химических реакций состоит в перегруппировке атомов; происходит разложение одних молекул и образование других. Это правильное обобщение может привести к механическому пониманию химических явлений, если не обращать внимания учащихся на глубокие изменения вещества, происходящие вследствие образования новых молекул. Поэтому после ознакомления с основными типами химических реакций следует снова сравнить химические реакции с механическим перемешиванием веществ и разъяснить, что перегруппировка атомов, происходящая при химических реакциях, состоит не только в перемещении атомов, но и в изменении связей между атомами, в перестройке молекул.
Путем сравнения смесей со сложными веществами необходимо обратить внимание учащихся на то, что молекула является не простой суммой атомов, из которых она состоит, а новой частицей, обладающей новыми свойствами. У учащихся должен установиться взгляд на молекулу как на сложную частицу, состоящую из атомов, которые находятся в определенной связи между собой и расположены в определенном порядке, а непросто сближены.
Разрушение одних и образование других молекул связано с поглощением или освобождением энергии. Поэтому следует также обратить внимание на тепловые эффекты как признаки химических явлений. Можно использовать первоначальные сведения о строении атома - сообщить, что при взаимодействии атомов происходят изменения в их наружном электронном окружении. Не вдаваясь в подробности, следует рассказать о том, что в некоторых случаях электроны могут переходить от одного атома к другому, а в других - часть электронов от каждого атома оказывается общей для двух атомов. Но в ядрах атомов не происходит изменений.
После изучения химических реакций можно возвратиться к началу изучения химии (когда учащиеся знакомились со свойствами вещества). По вполне понятным причинам тогда речь шла только о физических свойствах. Теперь же можно говорить и о химических свойствах, которые проявляются при химических взаимодействиях. Например, химические свойства серы состоят в том, что она горит, соединяется с железом; химические свойства железа проявляются в том, что оно соединяется с серой, вытесняет медь из хлорной меди.