Представления древнегреческих натурфилософов оставались основными идейными истоками естествознания вплоть до XVIII в. До начала эпохи Возрождения в науке господствовали представления Аристотеля. В дальнейшем стало расти влияние атомистических взглядов, впервые высказанных Левкиппом и Демокритом.
Незадолго до начала нашей эры главным образом благодаря трудам римского ученого и писателя Лукреция (Тит Лукреций Кар, 96-55 гг. до н. э.) атомистические воззрения получили дальнейшее развитие. В поэме "О природе вещей" ("De rerum natura") он очень наглядно описывал атомы. Вероятно, благодаря деятельности Лукреция арабские естествоиспытатели сумели объединить атомистику с теориями Аристотеля.
Алхимические работы опирались преимущественно на натурфилософские взгляды Платона и Аристотеля. Учение о трансмутациях было невозможно опровергнуть, пока понятие химического элемента не получило отчетливой формулировки. Но уже химики-флогистики в XVIII в. достаточно эффективно боролись с "златоделием" и выдвигали против него веские аргументы (особенно Виглеб). Все же окончательную победу над алхимией удалось одержать лишь тогда, когда появилась "теория элементов" Лавуазье. В начале XIX в. на смену прежним атомистическим воззрениям пришла теория Дальтона об атомном строении вещества, на основе которой вскоре сформировалась научная химия.